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Cientistas estão trabalhando para desenvolver tratamentos para o vírus do Nilo Ocidental, além de uma vacina. Há várias vacinas em potencial em fase de testes clínicos. Duas das vacinas sendo testadas são vacinas quiméricas: elas usam uma combinação dos genes do vírus e dos genes de outro vírus próximo (febre amarela ou dengue). Uma delas, a ChimeriVax-West Nile de Acambis, mostrou ser promissora em estudos com animais e humanos. A maioria dos participantes que recebeu uma pequena dose dessa vacina criou anticorpos, dando a seus organismos a habilidade de lutar contra a infecção causada pelo vírus do Nilo Ocidental.
Pesquisadores também estão investigando vários tratamentos para o Nilo Ocidental. Uma terapia usa anticorpos semelhantes aos apresentados por pessoas cujo sistema imunológico é capaz de lutar contra o vírus. Até o momento, esse tratamento teve muito sucesso em estudos com camundongos.