As alergias são outra forma de erro do sistema imunológico. Por alguma razão, nas pessoas com alergia o sistema imunológico reage fortemente a um alérgeno que deveria ter sido ignorado. O alérgeno pode ser uma certa comida, um tipo de pólen ou um certo tipo de pêlo de animal. Uma pessoa alérgica a certo pólen ficará com o nariz escorrendo, olhos lacrimejando, espirrando, etc. Essa reação é causada pelos mastócitos nas vias nasais. Na reação ao pólen, os mastócitos liberam histamina, que tem o efeito de causar inflamação, o que permite que circule líquido dos vasos sangüíneos. A histamina também causa coceira. Para eliminar esses sintomas a droga escolhida é, obviamente, um anti-histamínico.
O último exemplo de engano do sistema imunológico é o seu efeito no tecido transplantado. Esse não é realmente um engano, mas torna os transplantes de órgãos e tecidos quase impossíveis. Quando o tecido estranho é colocado dentro do corpo, suas células não contêm a identificação correta. O sistema imunológico, portanto, ataca o tecido. O problema não pode ser evitado, mas pode ser diminuído combinando cuidadosamente o tecido doador com o do receptor e usando drogas imunossupressoras para tentar impedir uma reação do sistema imunológico. Obviamente, suprimindo o sistema imunológico essas drogas facilitam o aparecimento de infecções oportunistas.
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